近日，我院动物基因组与基因功能团队在水牛遗传多样性与迁徙驯化领域取得进展，在《GigaScience》（中科院2区，IF 2019="4.688）上，在线发表了题为《Genomic analyses reveal distinct genetic architectures and selective pressures in buffaloes》，我院在读博士生孙婷、沈加飞，意大利帕维亚大学的Alessandro Achilli助理教授为共同第一作者，我院姜雨教授与雷初朝教授为共同通讯作者。

该研究对121头水牛（来自中国、老挝、越南、印度、巴基斯坦、意大利）的全基因组重测序数据进行分析，结果表明，沼泽型水牛被分为中国南方水牛（SC）与东南亚水牛（SEA）两个祖先群，江河型水牛被分为南亚（SA）与意大利水牛（ITA）两个祖先群。结合Y染色体、线粒体基因组及常染色体SNPs的结果表明：江河型水牛于印度-巴基斯坦地区驯化，之后向各地迁徙；而沼泽型水牛于中国西南与东南亚交界地区被驯化。利用 MSMC方法对有效群体大小分析发现，气候变化强烈影响了水牛的有效群体大小。江河型水牛与沼泽型水牛在~23万年前分歧，两者的分歧早于家养动物驯化的时间，故认为这两类水牛是由不同的野水牛驯化而来。

此外，在江河型水牛中鉴定到与免疫、耐热、泌乳等性状相关的基因，在沼泽型水牛中鉴定到与神经等相关通路、基因，这些结果与沼泽型水牛、江河型水牛的特征、环境适应性等相符。

中国是最主要的水牛饲养大国之一，水牛是我国南方农业生产的重要家畜，也是人们的重要食物来源。中国的水牛主要为沼泽型，随着机械化的发展，其役用功能正在减弱，目前朝着乳肉兼用的方向培育。对于水牛产奶、繁殖、抗病等性状的基础研究比较滞后，严重制约着水牛遗传改良工作的进程。该研究从全基因组角度解析水牛的遗传多样性与迁徙驯化历史，江河型与沼泽型水牛的遗传差异，筛选和鉴定出与免疫、耐热、泌乳、神经、繁殖等相关的基因，将为今后水牛的遗传改良工作奠定坚实的基础。

全文链接：http://dx.doi.org/10.5524/100682